FastTRAC II (pour Test Rapides pour l’Amélioration des Conifères) est un grand projet de génomique appliquée financé par Génome Canada, Génome Québec et de multiples partenaires via le Programme des partenariats pour les applications de la génomique (PPAG). Ce projet, qui regroupe des chercheurs, améliorateurs des arbres et forestiers, vise à appliquer la sélection assistée par la génomique à l’échelle opérationnelle des programmes d’amélioration génétique des arbres, comme méthode permettant d’évaluer plus rapidement le potentiel d’arbres candidats pour des caractéristiques de productivité et de résilience. Cela permettra d’accélérer la sélection et le reboisement de variétés adaptées et productives.
L’approche est basée sur le criblage génomique rapide de la diversité génétique naturelle, qui est présente dans les programmes d’amélioration en lien avec les traits prioritaires pour les améliorateurs. Elle procure déjà aux améliorateurs une plus grande flexibilité afin d’ajuster les variétés améliorées dans le contexte des changements climatiques et des marchés en mutation, tout en permettant de réduire l’âge de la récolte et les risques face à un futur incertain. Le reboisement de variétés améliorées accompagné d’une foresterie plus intensive sur une partie limitée du paysage forestier devrait aussi contribuer à réduire la pression de récolte sur les forêts naturelles et les dédier prioritairement à la conservation et aux activités récréatives.
FastTRAC II fait suite à FastTRAC I qui visait prioritairement l’épinette blanche et l’épinette de Norvège. Le présent projet vise prioritairement l’épinette noire et l’épinette rouge, qui constituent un autre groupe d’arbres à haute valeur économique et parmi les plus reboisés dans l’est du Canada. Le projet permettra une estimation de la valeur génétique d’arbres candidats à la sélection dès le stade juvénile ou de très jeunes semis, pour des caractères qui s’expriment habituellement à un stade plus avancé ou à l’âge mature. En utilisant les profils génomiques des arbres basés sur l’information génétique pour des milliers de gènes, l‘approche permet de classer les arbres testés en quelques mois plutôt que d’attendre jusqu’à 30 ans, comme c’est habituellement le cas pour les évaluations au champ de caractères à valeur économique ou liés à l’adaptation chez les conifères boréaux.
Le projet cible trois objectifs principaux. Premièrement, de concevoir et produire une puce de génotypage à grande débit, et de génotyper à grande échelle près de 15 000 épinettes afin d’obtenir leurs profils génomiques uniques. Dans un second temps, construire et valider des modèles de prédiction par la génomique afin de permettre le classement de milliers d’épinettes rouges et noires candidates à la sélection en fonction de leur productivité, la qualité de leur bois, la fixaton du carbone, ainsi que leur résilience dans le contexte des changements climatiques, comme une meilleure résistance aux sécheresses. En lien avec ceci, des stratégies de sélection multi-critère seront notamment développées et testées vu le grand nombre d’arbres candidats génotypés. Concurremment et en fonction de l’introgression naturelle déjà notée entre ces deux espèces génétiquement proches mais écologiquement différenciées, des indices du niveau d’introgression au niveau même du génome seront obtenus pour chaque arbre candidat, permettant la cartographie de l’introgression naturelle et l’évaluation de ses effets sur les caractères de productivité et de résilience.
FastTRAC II capitalise sur des preuves de concept positives et des investissements réalisés au fil des ans par Génome Canada, Génome Québec et nos partenaires. Le projet intègre des utilisateurs potentiels qui représentent des organisations du secteur forestier prêtes à appliquer cette nouvelle technologie dans leurs programmes d’amélioration des arbres ou le faisant déjà, incluant le suivi et la gestion de la diversité génétique et la sélection accélérée de variétés améliorées et adaptées pour le reboisement dans un contexte d’aires dévolues à la production ligneuse intensive sur courtes rotations à l’ère des changements climatiques. On compte, parmi ces utilisateurs, le Ministère des forêts, de la faune et des parcs du Québec, le Département des ressources naturelles et renouvelables de la Nouvelle-Écosse, le Département des ressources naturelles et du développement de l’énergie du Nouveau-Brunswick et la compagnie J.D. Irving Ltée dans les Maritimes. De plus, le solide partenariat en innovation entre l’Université Laval via la Chaire de recherche du Canada en génomique forestière, et le Centre canadien sur la fibre de bois de Ressources naturelles Canada facilitera l’adoption rapide des technologies FastTRAC II et leur utilisation dans d’autres programmes d’amélioration des organismes du secteur forestier à travers le Canada.
Co-direction de FastTRAC II
- Université Laval – Chaire de recherche du Canada en génomique forestière, Prof. Jean Bousquet, leader académique
- Centre canadien de la fibre du bois (CCFB), Dr Patrick Lenz, leader des partenaires
Partenaires utilisateurs immédiats de la technologie
- Ministère des forêts, de la faune et des parcs du Québec (MFFPQ)
- Département des ressources naturelles et renouvelables de la Nouvelle-Écosse (NSDNRR)
- Département des ressources naturelles et du développement de l’énergie du Nouveau-Brunswick (NBDERD)
- J.D. Irving, Ltée (JDI)
Autres partenaires du projet
- Service Canadien des forêts (SCF)